【研究領域課題番号】20H03235 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

サンゴ / 褐虫藻 / 共生 / ゲノム

【研究成果の概要】

サンゴ礁を形成する造礁サンゴは、細胞内の共生藻類、褐虫藻と密接な相利共生関係を築いている。しかし温暖化などの地球規模の環境変動により、サンゴと褐虫藻の共生関係の崩壊、白化現象が頻発しており、世界中でサンゴ礁が減少を続けている。一方でサンゴ礁の基盤となるサンゴ-褐虫藻の共生メカニズムやその成立・維持の分子機構は、未だ多くが謎のままである。本研究はゲノム科学的手法を駆使し、現在進行系の環境変動の影響を受け続けているサンゴと褐虫藻の共生関係が、実際の海の中でどのように成立・維持されているのか、そのゲノム基盤を理解することを目的とする。

褐虫藻との共生を開始する前のミドリイシ属サンゴの幼生に、由来の異なる複数の褐虫藻培養株を感染させ、それぞれの株に対するサンゴの遺伝子発現応答を比較解析することで、本来のサンゴ共生褐虫藻との共生に関わる遺伝子の特定を行った。サンゴ由来の褐虫藻感染時にのみ、代謝系に関わる遺伝子群の発現低下やそれら輸送体の発現上昇が確認された。これらには遺伝子重複により生じた遺伝子がいくつか含まれており、褐虫藻との共生を可能にするサンゴのゲノム基盤の成立には、遺伝子重複が重要であった可能性が示唆された。

18種のミドリイシ科のサンゴのゲノムを解読し、他の公開されているサンゴや刺胞動物との比較ゲノム解析により、現在地球上で最も繁栄している造礁サンゴの一つであるミドリイシ属のゲノムにのみ見られる特徴をいくつか発見した。この中には、褐虫藻との共生への関与が予想される遺伝子もいくつか含まれていた。

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31

【配分額】17,550千円 (直接経費: 13,500千円、間接経費: 4,050千円)

【研究分野】水圏生命科学

【研究領域課題番号】17K07949 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

サンゴ / 環境DNA / 褐虫藻 / ゲノム

【研究成果の概要】

気候変動などの影響によりサンゴ礁の状況は刻々と深刻化しており、そのきめ細かいモニタリングは重要である。本研究は、海水中に存在する環境DNAに注目し、海水を汲むだけでサンゴの検出を可能にする、新たなモニタリング手法の開発を目指した。サンゴと共生藻類を海水から検出できるのか確認するために水槽実験を行った結果、海水中の環境DNAは近傍に存在するサンゴの状況を良く反映していることが明らかになった。

【研究の社会的意義】

海水中の環境DNAは近傍に存在するサンゴの状況を反映しているのか、太平洋・インド洋の代表的な造礁サンゴであるミドリイシ属を用いて、水槽実験を行い検証した。実験に使用した全てのサンゴ、共生している共生藻類のDNA配列タイプを、海水中から検出することができた。水槽飼育したサンゴ由来の環境DNAは、それぞれのサンゴの水中重量・種組成と相関していることから、環境DNAを用いたサンゴのモニタリングは可能であると考えられる。

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31

【配分額】4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)

【研究分野】構成的システム生物学

【研究領域課題番号】17KT0027 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

サンゴ / 褐虫藻 / 共生 / ゲノム / 遺伝子

【研究成果の概要】

サンゴは、宿主動物の造礁サンゴと共生している藻類が共生し、あたかも一つの生物、ホロビオントとして生存する。本研究では、サンゴと褐虫藻のゲノム情報を活用し、複雑なサンゴ“ホロビオント”構成原理の解明に挑んだ。サンゴ幼生への褐虫藻培養株の感染実験と網羅的遺伝子発現解析により、共生に関わるサンゴの遺伝子群を特定した。これらの機能推定や進化的背景が明らかになり、多様なサンゴの共生メカニズムの存在が示唆された。

【研究の社会的意義】

異なる褐虫藻感染株をサンゴ幼生へ感染させて、サンゴの遺伝子発現変動を網羅的に解析・比較することで、サンゴと褐虫藻の共生に重要な、サンゴの遺伝子群を特定することができた。これらのいくつかは、特定のサンゴ分類群で遺伝子重複により独自に誕生しており、サンゴの多様な共生メカニズムの存在が示唆された。さらにサンゴから単離された褐虫藻株、褐虫藻との共生様式が異なるサンゴの全ゲノム解読を行い、サンゴと褐虫藻の共生メカニズムをゲノム科学的に多方面から解析する研究基盤を構築した。

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2017-07-18 - 2021-03-31

【配分額】13,780千円 (直接経費: 10,600千円、間接経費: 3,180千円)

【研究分野】遺伝・染色体動態

【研究領域課題番号】16K07454 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

渦鞭毛藻 / サンゴ / 紫外線吸収物質 / 褐虫藻 / ゲノム / ポリケチド / 多様性 / 遺伝子クラスター / エピジェネティックス / エピゲノム / ヒドロキシメチルウラシル / メチルシトシン / 核ゲノム / 酵素 / 核酸 / エピジェネティクス

【研究成果の概要】

サンゴに共生する渦鞭毛藻類の褐虫藻Symbiodiniaceaeは、少なくとも15のグループに分けることができるが、そのゲノム多様性やエピゲノムに関する研究は進んでいない。本研究では褐虫藻2種の全ゲノム配列（767 Mbと705 Mb）を決定した。比較解析により、二次共生により紅藻から獲得したと考えられる遺伝子の重複や損失が褐虫藻の多様化に影響してきたことを明らかにした。解読した褐虫藻ゲノムを利用し、毒合成を含む二次代謝産物ポリケチドの合成に関わる酵素遺伝子群を明らかにした。今後は、報告したゲノム基盤を使って、褐虫藻のエピゲノムの多様性の比較解析を展開していくことが可能である。

【研究の社会的意義】

サンゴには複数の種類の褐虫藻が共生していることが知られている。これまでは、サンゴと褐虫藻の共生関係の崩壊により引き起こされる白化現象の分子メカニズムを研究する上での褐虫藻のゲノム情報基盤が不足していた。本研究における2種の褐虫藻ゲノムの報告は、今後、サンゴ白化現象の分子メカニズムをゲノムや代謝産物レベルで解析する上での研究基盤を提供しており、学術的意義が高い。また二次代謝産物ポリケチドの合成に関わる酵素遺伝子群を網羅的に解析したことは、有毒渦鞭毛藻による食中毒や赤潮の問題に分子レベルの研究から取り組んで行く上でのよい比較データを提供しており、社会的意義があると考えられる。

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【配分額】4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)

【研究分野】ゲノム生物学

【研究領域課題番号】26290065 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

サンゴ / 集団遺伝 / SNP / ゲノム / 南西諸島 / 集団解析

【研究成果の概要】

生物多様性豊かなサンゴ礁が存在する南西諸島のサンゴの遺伝的集団構造を、ゲノム科学的手法を用いて明らかにすることを目的とした。南西諸島で普通に見られ、種の多様性が高いミドリイシ属サンゴの仲間で、全ゲノムが解読されている種の沖縄周辺の詳細な集団構造を、ゲノムワイドなSNP情報により明らかにした。さらにゲノム情報と次世代シーケンサーから得られる膨大なDNA情報を活用して、多様なサンゴ種の集団構造を解析可能な汎用性の高い遺伝子マーカーの開発、それを使用した天然のサンゴの集団構造や養殖サンゴの遺伝的多様性の調査を行った。この方法は、他の海洋生物の遺伝子マーカーの開発や集団構造の解析にも応用された。

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【配分額】9,360千円 (直接経費: 7,200千円、間接経費: 2,160千円)

【研究分野】水圏生命科学

【研究領域課題番号】25660172 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

ゲノム / サンゴ礁 / SNP / ストレス / サンゴ

【研究成果の概要】

地球規模の環境変動により、サンゴ礁が危機的な状況にある。サンゴのストレス耐性には共生する藻類が重要だと考えられているが、ストレス耐性は個体により著しく異なるのではないか、という仮説のもと、ストレスに耐性がある個体と敏感な個体を複数選別し、そのゲノム上の一塩基多型(SNP: Single Nucleotide Polymorphism)を比較することで、ストレス耐性に関わる遺伝子やゲノム領域の特定を目指した研究である。

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【配分額】3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)