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ゲノムに関するサイレントキーワード RNA が含まれる科研費採択研究4件

ゲノムに関するサイレントキーワード RNAが含まれる科研費採択研究 4件

肝胆膵がんの多元的オミックス解析による分子機構の解明

【研究領域課題番号】18H04049 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

肝胆膵がん / ゲノム / オミックス解析 / 分子分類 / 分子標的治療 / 腫瘍免疫 / 免疫 / ＲＮＡ / プロテオーム / ゲノム解析 / 多層オミックス / がんゲノム

【研究成果の概要】

肝がんについて、免疫ゲノム解析より腫瘍内の免疫抑制機構の視点で４つの分類を確立した。また、プロテオームとの統合解析を行い、肝臓がんの分子標的薬適応の分類も行った。肝細胞がんと胆管がんが混在する特殊な「混合型肝がん」の統合的ゲノム解析を行い、その可塑性の特徴を明らかにした。胆嚢がんを含む219例の胆道がんのゲノムとRNAデータより、個々の分子標的薬の同定を行い約1/3 の症例について治療薬が見つかった。
化学放射線療法をうけて切除した膵がんと小腸の新鮮凍結サンプルを収集し、ゲノム解析、ＲＮＡ解析、小腸の細菌叢解析をおこなって化学療法の影響について検討した。

【研究の社会的意義】

本研究は、最も難治性である肝胆膵がんに照準をしぼり、そのゲノム、RNA,たんぱく質、免疫、腸内細菌叢といった多元的なオミックス解析を行い、肝胆膵がんの分子分類を確立し、また、個別化治療の提案をおこなうものである。

【研究代表者】

中川英刀国立研究開発法人理化学研究所生命医科学研究センターチームリーダー (Kakenデータベース)

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【配分額】44,330千円 (直接経費: 34,100千円、間接経費: 10,230千円)

【研究分担者】
井元清哉	東京大学	医科学研究所	教授	(Kakenデータベース)
山上裕機	和歌山県立医科大学	医学部	教授	(Kakenデータベース)
相方浩	広島大学	医系科学研究科(医)	准教授	(Kakenデータベース)
中村透	北海道大学	医学研究院	助教	(Kakenデータベース)
二階堂愛	国立研究開発法人理化学研究所	生命機能科学研究センター	チームリーダー	(Kakenデータベース)

次世代型CRISPRシステムの構築によるヒト遺伝子機能解明のための基盤技術開発
【研究分野】ゲノム生物学
【研究領域課題番号】15H04319 (KAKENデータベースで見る）
【研究キーワード】

CRISPR / dCas9 / base-pairing / thermodynamics / melting temperature / バイオテクノロジー / 遺伝子 / 核酸 / ゲノム / RNA
【研究成果の概要】

本研究は、CRISPR法の改良による次世代型ヒト遺伝子機能解明のための基盤技術の開発を目的とした研究である。CRISPRシステムとは、原核生物の免疫防御システムを利用した新しいゲノム編集法であり、あらゆる生物種に応用可能な画期的技術として注目されている。CRISPR法では、標的部位を塩基配列で識別するガイドRNAがCas9たんぱく質と複合体を形成し、ガイドRNAが対合したゲノム領域をCas9が切断する。そのため、本研究ではゲノム切断活性を伴わないdCas9を用い、実験的手法とバイオインフォマティックスを用いた手法を組み合わせることで、ゲノム編集効率が高く実用的な手法を確立することに成功した。
【研究代表者】

程久美子東京大学大学院理学系研究科(理学部) 准教授 (Kakenデータベース)
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【配分額】19,110千円 (直接経費: 14,700千円、間接経費: 4,410千円)

ＲＮＡ成熟マシナリーの構造的基盤と機能進化
【研究分野】生体関連化学
【研究領域課題番号】23350081 (KAKENデータベースで見る）
【研究キーワード】

核酸 / 酵素 / タンパク質 / ＲＮＡ / RNA / RNA修飾 / RNAメチル化 / tRNA / メチル化酵素 / RNA分解制御 / ゲノム / 構造解析
【研究成果の概要】

本研究は、「RNA成熟システムの全体像を物理・化学的手法で包括的に理解する」ことを目標とした。申請は、３年間の短期申請で、生命の３つのドメイン（真正細菌、古細菌、真核生物）で起源生物に近い単細胞生物のRNA成熟システムを中心に調べた。RNA成熟に関わるtRNA修飾酵素、tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼなどについて、X線結晶構造解析、生化学的解析を併用して、その性質を明らかにした。また、遺伝子破壊株解析からRNA修飾ヌクレオシドと修飾酵素のネットワークの環境応答を明らかにした。さらに、古細菌tRNAの新規修飾をいくつか発見した。
【研究代表者】

堀弘幸愛媛大学理工学研究科教授 (Kakenデータベース)
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【配分額】19,370千円 (直接経費: 14,900千円、間接経費: 4,470千円)

【研究分担者】
鈴木勉東京大学大学院・工学系研究科教授 (Kakenデータベース)
平田章愛媛大学大学院・理工学研究科講師 (Kakenデータベース)

RNAレベルでの遺伝子発現制御からみた植物の体制維持の理解
【研究分野】植物分子生物・生理学
【研究領域課題番号】20370019 (KAKENデータベースで見る）
【研究キーワード】

植物分子機能 / 発現制御 / small RNA / RNAサイレンシング / 植物ウイルス / Pボディー / 細胞質顆粒 / AGOタンパク質 / miRNA / ARGONAUTEタンパク質 / Processing body / RISC / SGS3/RDR6 body / ウイルス / tasiRNA / P-body / RNA移動 / ゲノム / RNA / ストレス
【研究成果の概要】

植物の発生、環境応答に大きな寄与が示されている小分子RNAの機能発現を、関与するタンパク質性因子に注目した形で発現部位、局在、相互作用、動きについての解析をおこなった。miRNA,siRNAさらに植物固有に見られるtasiRNAの生合成、機能発現部位についての基本情報を得ること、さらに今後につながる研究材料の構築をすることができた。細胞質に小分子RNAによる機能発現の場として、Processing BodyとSGS3/RDR6 bodyを見いだした。
【研究代表者】

渡邊雄一郎 (渡辺雄一郎) 東京大学大学院・総合文化研究科教授 (Kakenデータベース)
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【配分額】18,330千円 (直接経費: 14,100千円、間接経費: 4,230千円)

【研究分担者】
鈴木勉	東京大学	大学院・工学系研究科	教授	(Kakenデータベース)
平田章	愛媛大学	大学院・理工学研究科	講師	(Kakenデータベース)