【研究分野】スポーツ科学

【研究領域課題番号】26560370 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

運動 / 翻訳動態 / Ribosome profiling / 次世代シーケンサー / マウス / 骨格筋 / 遺伝子 / タンパク質 / リボソームプロファイリング / 翻訳 / 遺伝子発現 / マクロファージ / 炎症 / 網羅的解析 / 翻訳調節 / フレームシフト / 翻訳速度

【研究成果の概要】

これまで多くの研究がなされてきた転写動態変化に関連する作用機序に加え、翻訳動態変化も生体システムに重要な影響を及ぼしている。また近年、これまでは技術的に困難であった翻訳動態変化を網羅的に解析可能な技術（Ribosome profiling）が開発され、次世代シーケンサーにより解析することで、それぞれのmRNAが実際はどの程度翻訳されていたのかを網羅的かつ１塩基単位の高精度で解析することができるようになった。同技術を用いて運動が翻訳動態に与える影響を網羅的に解析し、未知であった作用機序の解明に加え、急性炎症・抗炎症応答時においても新たなシス配列因子を発見することができた。

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31

【配分額】3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)

【研究分野】森林科学

【研究領域課題番号】25292081 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

QTL / フェノロジー / RADseq / SNPマーカー / リアルタイムPCR / トドマツ / トランスクリプトーム / データベース / 標高適応 / 連鎖地図 / ESTライブラリ / 耐凍性 / 適応的遺伝子 / 標高 / RAD-seq / 分離集団 / 遺伝子発現 / F2個体群 / マイクロサテライト / SNP / RNA / 次世代シーケンサー

【研究成果の概要】

トドマツの高標高×低標高交配家系から作出した分離集団240個体について、フェノロジーと成長形質を測定し、約500個のSNPマーカーを用いて連鎖地図を作成した結果、染色体数と同じ１2連鎖群に収束した。作成した連鎖地図を用いてQTL解析を行った結果、4形質について有意なQTLを検出できた。さらに、部位別に抽出したRNAを利用してトランスクリプトーム解析を行った結果、223,621本のトランスクリプトと71,707個の遺伝子が検出され、トドマツの遺伝子カタログデータベースを作成した。また、適応的遺伝子の季節変動を調べた結果、一部の遺伝子が強い周期性を持つことが判明した。

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【配分額】17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)

【研究分野】基礎ゲノム科学

【研究領域課題番号】21310125 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

動物ゲノム / メダカ / トラフグ / 次世代シーケンサー / 小分子RNA / マイクロRNA / piRNA / トランスクリプトーム / miRNA / 遺伝子発現 / 魚類 / 発現フロフィール / 新規RNA

【研究成果の概要】

本研究では次世代シーケンサーを用いてメダカおよびトラフグの各組織(速筋、遅筋、腸、眼、脳、心臓、肝臓、卵巣、精巣、初期胚など)から得た小分子RNA(miRNA, piRNA, siRNA)の塩基配列を解読し、その発現プロフィールを明らかにした。精巣、卵巣以外の各組織ではmiRNAが主要な発現産物であったが、精巣、卵巣ではpiRNAが主要な発現産物であることが推定された。またメダカとトラフグに共通に発現している未同定の小分子RNAを多数見いだした

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2009 - 2011

【配分額】16,770千円 (直接経費: 12,900千円、間接経費: 3,870千円)