【研究領域課題番号】19K22542 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

スーパーエンハンサー / ホルマリン固定パラフィン包埋組織 / クロマチン免疫沈降塩基配列決定法 / モノクローナル抗体 / がん / FFPE / 病理検体 / ChIPseq法

【研究成果の概要】

疾患関連遺伝子は、スーパーエンハンサー(SE)と呼ばれる強力なエンハンサーの影響下で、疾患特異的にその発現が制御されている。このSE解析に必須であるクロマチン免疫沈降塩基配列決定法(ChIPseq)をホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織の病理検体に応用すべく、変性蛋白質を高親和性で認識しうるモノクローナル抗体の作成を通じた高感度ChIPseq法の開発を行い、さらに本法を用いた神経変性疾患、代謝性疾患、感染症、がんにおける疾患特異的なSEとその形成機構を解析した。

【研究の社会的意義】

疾患特異的SE解析はSEを治療標的とする上で重要である。SE解析は、生細胞で行われFFPE検体を用いた解析は、2010年にFanelli、2016年にCejasが新法を開発したが、その後の報告はなく汎用性の面で新法が必要と考えた。そこで変性SE構成分子に対する新規MoAbが必須と考え、変性架橋蛋白質に対するMoAbの確立を突破口として、DNA蛋白質複合体の抽出やDNA断片化の至適化を進めることでFFPE高感度ChIPseq法の開発を行った。本法は疾患の詳細な臨床情報や病理診断があり、膨大な蓄積がある病理FFPE検体を用いた疾患特異的SEの同定やそれに基づくバイオマーカーの探索に有用と考える。

【研究種目】挑戦的研究(萌芽)

【研究期間】2019-06-28 - 2021-03-31

【配分額】6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)