被子植物において葉の獲得を可能にした分子基盤の解明
【研究キーワード】
Amborella trichopoda / Arabidopsis thaliana / Evo-Devo / RNA-seq / Solanum lycopersicum / インフォマティクス / 進化発生学 / 葉 / 進化 / トランスクリプトーム
【研究成果の概要】
本共同研究の基課題では、様々なモデル植物を用いた比較トランスクリプトームにより、葉の獲得に関わった遺伝子を同定し、複数のモデル植物を用いて機能解析を行なう。そのなかで大規模なRNA-seqデータやゲノムデータをバイオインフォマティクスを用いて解析する必要があり、さらにその解析結果をもとに機能解析を行なう予定としている。機能解析を計画しているモデル植物の一つにSolanum lycopersicum(トマト)があるが、トマトは日本国内では様々な理由から、安定的な生育と形質転換体作出は難しい。そのため本共同研究において、University of California, DavisのNeelima Sinha教授と共同でバイオインフォマティクスの解析やトマトを用いる機能解析を行なうこととしていた。
2021年度は昨今のコロナの状況を鑑みて、2022年3月末に渡航の予定としていた。そのため、渡航前は実質的な実験は難しかったため、Sinha教授およびインフォマティクスや統計学を得意とする研究室のスタッフとZoomによるミーティングを定期的に行なった。 これにより申請者の解析方法に意見をもらい、最新の情報や解析手法についても渡航前から共有できる体制を整えた。また渡航後は、解析方法について直接Sinha教授などと意見交換を行なった。これらの結果、渡航後にスムースに共同研究を始めることができたと考えられる。
【研究代表者】
【研究種目】国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(A))
【研究期間】2021 - 2023
【配分額】12,610千円 (直接経費: 9,700千円、間接経費: 2,910千円)