網羅的DNA-蛋白相互作用データに基づく染色体のモデル表現
【研究分野】基礎ゲノム科学
【研究キーワード】
ChIP-chip / DNAアレイ / コヒーシン / Smc5 / 6 / 細胞周期 / 染色体 / DNAチップ / 染色体免疫沈降 / 染色体構造 / 染色体動態 / 複製制御 / レプリコン構造 / ゲノム解析 / 染色体代謝 / DNAchip / 染色体複製 / 染色体分配
【研究成果の概要】
本申請ではDNA結合タンパクについて出芽酵母の六番染色体(280kb)についてDNAチップを用い、結合プロファイル情報を得、因子間の相互作用情報を結合プロファイルに基づき抽出、分類、比較可能なソフトの構築を行えるシステム作りを目指した。
データのプレゼンテーションソフトについては開発を終了し公開した。さらにこれを原型として発展させ出芽酵母、分裂酵母、ヒトの全ゲノムについても解析可能なソフトを構築しつつある。公開したものについては、同じプラットホームを有する研究者との間で共有できるシステムとなっており、また、システムを利用した論文(共同研究であるかないかにかかわらず)の発表も開始された。このことは我々が構築した解析プロトコルが世界的スタンダードになりつつあることを意味している(Methods in Enzymology,2006)。比較、分類ソフトについてはプロトタイプ版が完成し、プロファイルの類似性から、1)コヒーシンの制御因子の同定(Nature,2006)、3)コヒーシンローダーを新規修復因子として同定、4)コヒーシンの染色体への接着が複製に伴うこと、5)SMCファミリーに属する修復因子が染色体の長さに依存した局在パターンを示すこと、等コヒーシン蛋白を中心とした染色体諸機能の連携、そのダイナミクス、について次々と新たな発見を行うことができた。これらの中の発表済みの結果は、前年度までの分を含め、最終的に生データまで参照可能な形式でデータベースとして公開する準備を現在進めている所である。
【研究代表者】