Single cell応答に基づく原虫病研究の基盤構築と有用性の評価
【研究分野】獣医学
【研究キーワード】
scRNA-seq / transcriptomics / Toxoplasma gondii / protozoan / １細胞トランスクリプトーム / トキソプラズマ / 原虫 / シングルセル / トランスクリプトーム / ゲノム / 感染症
【研究成果の概要】
原虫は、そのサイズ、形態、偏性通性寄生性等において多様であり、近年利用が進んでいる１細胞トランスクリプトーム解析を行う際には、それに応じた技術基盤を確立する必要があった。そこで本研究では、上市されているscRNA-seqライブラリー構築を評価し、BD Rhapsodyが好適であることを見出した。さらに、トキソプラズマ原虫のタキゾイト→ブラディゾイト間のステージ変換をモデルにscRNA-seq解析を行い、トキソプラズマ原虫の感染により、IFNα経路が活性化されること、しかも、当該経路が活性化されるのは原虫感染細胞の周囲の非感染細胞であり、感染細胞の当該経路は逆に抑制されることを見出した。
【研究の社会的意義】
トキソプラズマ原虫のブラディゾイト感染により、感染細胞の周囲にある非感染細胞のIFNα経路が活性化される一方、感染細胞の当該経路は逆に抑制されることが見出された。これは、従来のRNA-seqでは見出しえなかった結果であり、scRNA-seq解析の有用性が示された。また、原虫の様にサイズ、形態、寄生性等において多様な細胞に対しては、ライブラリー構築時の各段階を視認できるBD Rhapsodyが好適であることも示された。本成果は、他の原虫種においてscRNA-seq解析を実施する際の基盤技術として当該分野の発展に寄与するものである。
【研究代表者】
【研究分担者】 |
| 鈴木 穣 | 東京大学 | 大学院新領域創成科学研究科 | 教授 | (Kakenデータベース) |
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【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【配分額】15,990千円 (直接経費: 12,300千円、間接経費: 3,690千円)