タンパク質電子構造DBシステムの拡充
【研究分野】生命・健康・医療情報学
【研究キーワード】
タンパク質 / 電子状態 / 量子化学 / 電子状態計算 / 密度汎関数法 / 波動関数 / データベース / 生体生命情報学 / 蛋白質 / ハイパフォーマンス・コンピューティング / シミュレーション工学 / 物性理論
【研究成果の概要】
タンパク質電子状態計算において、電子状態計算の高速化・効率化および計算構造モデリングとQCLO法に基づく電子状態計算の自動化に関する研究開発を行った。GPUによって電子状態計算の高速化し、メモリマップドファイルによって限られた計算機資源でのタンパク質電子状態計算の達成を実現した。QCLO法に基づく自動計算プログラムの機能追加・改良を施し、入力コードの保守性・視認性を向上させた。電子状態計算に基づく相互作用解析ツールを開発し、小規模タンパク質の実証計算によりその有用性を確認した。
開発したソースコードはインターネット上に公開済みである。
【研究の社会的意義】
実験的に得られたタンパク質構造をもとに、タンパク質電子状態データベースの構築・拡張をおこなうため、タンパク質電子状態計算をより自動化し、省力化する研究開発を行った。タンパク質電子状態計算を高速化・効率化し、自動計算の簡略化・機能追加を行った。相互作用解析機能を追加し、基質やアミノ酸残基間の相互作用を可視化することができるようになった。
開発したソースコードはインターネット上に公開済みである。
【研究代表者】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【配分額】4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)