ニホンウナギの生活史多型に関与する遺伝子の探索:集団ゲノム学的アプローチ
【研究キーワード】
自然選択 / 一塩基多型 / 集団ゲノミクス / 集団遺伝学 / 分子生態学
【研究成果の概要】
本年度、静岡県浜名湖産のニホンウナギ(降河中の銀ウナギが中心)の新規標本を得た(N = 26)。これらの標本についてゲノムDNAを抽出した。一方、愛媛産のニホンウナギについてはCOVID19の影響でサンプリングが出来なかったため、研究分担者(横内一樹)が凍結保存していた標本(2016-2017年度採集。N = 56)で代用することにした。これらの標本からもDNAを抽出済みである。なお、愛媛産の標本については耳石の微量元素解析により由来(海ウナギか川ウナギか)を同定済みである(海ウナギ、N = 16; 川ウナギ、N = 23; Shifter、N = 16)。
昨年度にDNAを抽出した標本(浜名湖、N = 21; 愛媛、N = 44)について、RADライブラリーを作製し、次世代DNAシーケンサーによりシーケンスデータを得た。得られたシーケンスリード数は20,002,292から99,002,225(mean = 32,798,725; sd = 10,066,497)であり、SNP同定を行う上で十分なデータ量であった。
【研究代表者】
【研究分担者】 |
山本 佑樹 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構 | 水産資源研究所(横浜) | 研究員 | (Kakenデータベース) |
横内 一樹 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構 | 水産資源研究所(横浜) | 主任研究員 | (Kakenデータベース) |
中道 礼一郎 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構 | 水産資源研究所(横浜) | 主任研究員 | (Kakenデータベース) |
白井 厚太朗 | 東京大学 | 大気海洋研究所 | 准教授 | (Kakenデータベース) |
中村 洋路 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構 | 水産資源研究所(横浜) | 主任研究員 | (Kakenデータベース) |
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【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2020-04-01 - 2024-03-31
【配分額】17,550千円 (直接経費: 13,500千円、間接経費: 4,050千円)