動物ミトコンドリアでは通常の普遍暗号とは異なる変則暗号を用いていることが知られている。棘皮動物であるウニのミトコンドリアでは、通常LysをコードするAAA
コドンがAsnに、通常ストップ
コドンであるUGAがTrpに、通常Argの
コドンであるAGR(R=A, G)がSerにそれぞれ変化している。これらの変則暗号の成立基盤を解明するために、ミトコンドリアtRNAを単離精製し、質量分析法を用いてアンチ
コドンの修飾を調べた。キタムラサキウニの卵巣より抽出したtotal RNAを陰イオン交換カラムで粗精製した後に、往復循環クロマトグラフィー法で7種類のミトコンドリアtRNAを精製した。得られたtRNAを各種RNaseで消化した後、キャピラリー液体クロマトグラフィー質量分析法で解析を行った。tRNA^<Asn>はアンチ
コドン2字目にpseudouridine(Ψ)が見つかり、この修飾がAAA
コドンをAsnに解読するしくみであると考えられた。tRNA^<Ser>のアンチ
コドン1字目から7-methylguanosine(m^7G)が見出され、この修飾がAGR
コドンをSerに解読することを可能にすると考えられる。tRNA^<Trp>のアンチ
コドン1字目から5-taurinomethyl-2-thiouridine(τm^5s^2U)が見つかり、UGA
コドンがTrpに解読する機構が明らかとなった。さらに、tRNA^<Lys>から新規の修飾体が見出されたので、現在、その化学構造の同定を行っている。