Discovery Sagaサイレントキーワード俯瞰

分子動力学シミュレーション / タンパク質 / リガンド / パスウェイ / 粗視化モデル / 自由エネルギープロファイル / マルコフ状態モデル / transition path theory / リガンド結合パスウェイ / 最小自由エネルギー経路 / タンパク質－リガンド結合 / リガンド結合シミュレーション / 粗視化分子動力学法 / 変異体

タンパク質の周囲にリガンドをランダムに配置し、リガンドのタンパク質への結合過程を追跡する粗視化分子動力学シミュレーションを多数回実施し、このトラジェクトリからマルコフ状態モデルを構築した。さらに、transition path theoryに基づき、マルコフ状態モデルから遷移状態とリガンド結合パスウェイを求めた。その結果、遷移状態は基質ポケットの縁に存在し、寄与の大きなパスウェイは、タンパク質表面の溝に沿う傾向があることが示された。これは、研究代表者らが提唱している「リガンド結合パスウェイ仮説」を支持する結果であると言える。

【研究協力者】
根上樹	東京大学	大学院農学生命科学研究科	特任研究員