Discovery Sagaサイレントキーワード俯瞰

本年度は、本研究計画について二本の論文の研究発表を行った。一本目は、昨年投稿した高精度ゲノム進化史推定論文についてreviseを行い、Bioinformatics Advances誌から論文を発表した。二本目は、偽陽性を抑えながら相関関係の検出を行う逆ポッツ法を系統プロファイル法に適用した論文について投稿を行い、Bioinformatics誌から論文を発表した。

また、本年度行った研究は次の通りである。(1)昨年度開発した、ゲノム進化史推定を行うMirage法は計算速度・メモリ量の観点から大規模ゲノムデータセットに適応することは難しかった。本年度はプログラムのリファクタリングに加え、決定的混合パターン法という新たな近似手法をMirageに導入することで、ほとんど精度の減少を引き起こさずに、現存の全微生物ゲノムデータセットに適応できるようソフトウェアを改良した。本研究は現在論文投稿中である。 (2) 逆ポッツ法を二項間関係から論理関係の枠組みに適応すべくアルゴリズムの拡張を行った。現在、数理的な拡張及び実装は終わっているものの、シミュレーションデータに適応したところ極めて大きな計算時間を要することや、また精度良いパラメータ推定には大規模なデータセットが必要になることが明らかとなっている。そのため、直接には実データへの適用が難しいことが判明しており、速度向上のため精度の低下をある程度許容するか今後の方針を検討している段階にある。