候補サイトの空間分布に注目した信頼度の高いタンパク質ドッキング判定手法の開発
【研究分野】生体生命情報学
【研究キーワード】
コンピュータシミュレーション / 蛋白質 / ドッキング / 高性能計算 / バイオインフォマティクス
【研究成果の概要】
複数のタンパク質の立体構造データを入力し、表面形状相補性と静電相互作用に基づいて、各ペアがドッキングするか否かの判定を行うための手法を開発した。既存法ZDOCKとは異なり、実数のみで表面形状相補性を計算するrPSCモデルの着想を得て、精度を落とさず約4倍の高速化が達成できた。タンパク質の性質に応じて評価関数を動的に調整する手法も開発した。候補サイトの空間分布に注目した後処理により信頼度の向上が達成できた。
【研究代表者】
【研究分担者】 |
塚本 弘毅 | 産業技術総合研究所 | 生命情報工学研究センター | 特別研究員 | (Kakenデータベース) |
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【研究連携者】 |
塚本 弘毅 | 産業技術総合研究所 | 生命情報工学研究センター | 特別研究員 | (Kakenデータベース) |
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【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2007 - 2010
【配分額】18,460千円 (直接経費: 14,200千円、間接経費: 4,260千円)